据守石头，辅国将军刘袭带兵用木栅栏将秦淮河口切断，丹阳尹司马恢之戍守在长江南岸，冠军将军桓谦等人在白石驻防，左卫将军王嘏等屯兵中堂，征召豫州刺史谯王司马尚之和刘牢之来京师卫守。
刘牢之从山阴带兵前来截击孙恩，还没有赶到，孙恩的兵马已经过去了，于是，他让刘裕从海盐迅速赶来援助。刘裕手下一共也不满一千人，日夜兼程，一路急行军才与孙恩的部队几乎同时赶到了丹徒。刘裕的兵卒本来就少，再加上赶很远的路，已经疲惫不堪，而丹徒原有的守军又毫无斗志。众人都不愿意与孙恩交战，刘裕激励部下说：”丹徒是建康门户，如今建康城中还没有准备，一旦叛军突破丹徒，攻取建康，则朝廷根本动摇。现在孙恩人马众多，必定轻视我军，以为我们不敢和他交战，正好让我们有机可乘。蒜山乃是制高点，来日孙恩必定会派兵攻取，今夜我军埋伏到山上，明日出其不意，定能打败叛军。”于是夜里在当地百姓的协助下，刘裕率军在蒜山埋伏，偃旗息鼓，只等孙恩前来。
次日，孙恩果然亲自领着万余人来占蒜山，一路都未见朝廷兵马，心中正自骄傲，突然一通鼓响，四下里冲出无数官军，孙恩前锋各军毫无准备，惊慌失措，四处奔逃，有些人慌不择路跌落山崖落水而死。孙恩领着后军在后迤逦而行，见前锋败军奔逃而来，立斩数人也禁止不住，反被自家败兵冲乱队伍，裹胁着逃回船上。
孙恩回到船上，知蒜山上仅一千多晋兵，顿时大怒，喝令把前锋斩首，随即再整军马，誓要夺取蒜山，生擒刘裕。卢循急忙劝阻道：“主公，不可。朝廷根本在建康，如果我军在丹徒迁延日久，等到朝廷军马赶到，那时不但攻不下建康，恐怕我军也难全身而退。”这一番话将孙恩点醒，于是重新整顿好部队，径直向建康开进。刘裕见状也只好率兵赶赴京师。
后将军司马元显率领部队迎战，却不断地战败失利。会稽王司马道子没有其他办法，只是天天去到蒋侯庙去祭祀祈祷。孙恩的部队距离建康已经越来越近了，百姓人心惶惶，非常恐惧。所幸司马尚之统领着他的精锐部队及时赶到，而孙恩也因为连着几天大风，战舰逆风行驭速度很慢，所以几天之后才到达白石。孙恩本来以为东晋各支部队驻守的地区比较分散，因此打算趁他们没有准备，发动突然袭击。但是到达白石后，得知司马尚之的部队正在建康，又听说刘牢之也已经回军，据守在新洲，所以，他再也不敢继续前进，只好回军，从海路向北直扑郁洲。
孙恩既退，朝廷论功行赏，封刘裕为建武将军、下邳太守。让他去郁洲征讨孙恩，几次接战，都把叛军打得大败，孙恩的势力从此衰弱下来，再次沿海向南败逃。
到了元兴元年，孙恩又进犯临海，被临海太守辛景打得大败，孙恩所抢掠的三吴地区的男女百姓，在战乱中全部被杀死。孙恩害怕自己也被官军抓获，于是跳海自杀，他的部下党羽以及姬妾艺妓等人中跟着他一起自杀的有上百人，人们把这些人称为“水仙”。其余部又推举孙恩的妹夫卢循为首领。
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