却说孔有德、耿仲明等叛军，占据登州后开始向西扩张，攻破数座县城，崇祯五年二月，孔有德部率军围攻莱州，莱州守将徐从治率众拼死抵抗，却迟迟等不来朝廷援军。然而此时援军只在观望，未上前解围。明廷还寄希望能招抚叛军，致使莱州孤城苦守数月，山东巡抚徐从治亲上城楼，鼓气督战，不幸中叛军炮火，殉国成仁。孔有德见久攻不下，假意投诚，希望骗取莱州守军打开城门，幸而未成。这时候明廷才意识到，孔有德招不得，遂命各路援军努力杀叛歼敌。在明朝大军决心围剿下，不仅解了莱州之围，也接连收复失地，围孔有德等叛军于登州城。攻城战自崇祯五年十月发起，战况激烈，叛军逐渐不支。孔有德见攻守之势异也，登州必然失守，于是盘算起弃城投金的想法。崇祯六年二月，孔有德率叛军近万人，弃城突围，登船北逃，径往金贼方向去。黄台吉大喜过望，亲自迎接，给予高官厚禄，孔有德部也乐得剃发易服。此次投降，孔有德带去了舰队、大炮、工匠，为金贼提供了先进技术，大大缩小了明廷与之的工器水平。我迅速翻看孔有德后续人生篇章，看到他为金人立下汗马功劳，东征朝鲜，使之转奉金人，而明廷又如再断一指。之后在多次金人对故明用兵中，甘为先锋，出力颇多，最后入寇桂地，被大明西宁王李定国击溃，自刎而死。其子尽皆被斩，男丁绝嗣，下场如此。
外有贼寇环伺，内有叛军作乱，明廷已然危机四伏，但更重大的威胁是西北民乱，更兼天灾磨人，走投无路，退无可退，不如反了他娘的！面对汹涌义军，明廷派出的洪承畴强力镇压，毫不心慈手软，义军终究是乌合之众，几战几败，损失惨重。洪承畴在一年多时间竟将陕西境内的义军打扫干净，残存义军生活无以为继，逼不得已，向东流窜至山西境内。为了解决民军，崇祯五年腊月，下旨陕西、山西两地将军听从因战功赫赫一步步升上来的曹文诏统一指挥。曹文诏率大军于山西境内扫荡义军，连克连捷，斩杀多名义军首领，取得巨大战果。到了崇祯六年二月，山西境内流寇，大多被剿灭，已然成熄火之状。可就在曹文诏兵锋锐不可挡之时，被调往去大同驻防。原来，他与河南巡按御史刘令誉不和，刘令誉将曹文诏罪过收集并上报，兵部研究以后认为曹文诏胜兵而骄，陈说皇帝，最后将之调往大同。崇祯六年十一月，由山西南遁至河南的残存流寇，继续南下，于渑池冒雪踏冰渡黄河，从此进入中原大地活动。
崇祯七年七月，金寇再次入关掠夺，回师时攻掠大同境内，曹文诏与清军交战，兵败而归。而大同其余城堡更多失陷，金寇搜刮满足而凯旋。明廷大为光火，将各将治罪，曹文诏被治罪充军至边防卫所。山西巡抚吴生生赶紧上书，请求朝廷能留任曹文诏，让其戴罪立功。如今朝中正是用人之时，自然同意了吴生生的请求。此时，曾被曹文诏杀得丢盔弃甲的流寇，在渡过黄河，进入河南境界后，如野草般生生不息，野蛮生长。不仅仅是河南，农民军在湖广、四川多地发展起来，攻城掠地，山西、陕西处农民军春风吹又生。
崇祯七年十二月，围剿义军不力的五省总督陈奇瑜被撤掉，让洪承畴总督河南、山西、陕西、湖广、四川五省军务，并加封太子太保、兵部尚书等官衔，成为明廷镇压义军的总督统帅。洪承畴调动官军入陕，重新组织大军围攻诈降复叛的农民军，当时农民军聚集在陕西的有二十余万人，其中以“闯王”高迎祥，及其部属“闯将”李自成的力量最为强大。但义军屡战屡败，不是对手，赶紧突围东走，转进河南境内。崇祯八年正月，洪承畴率剿叛主力出潼关，在河南信阳大会诸将，准备对义军实行大规模围剿。义军闻风而逃，首选之地自然是关中。崇祯八年三月，曹文诏抵达信阳，听从洪承畴建议，取道山路向商州、雒南进发，再与洪承畴大军夹击义军于汉中，他们认为义军守不住关中，自然会向汉中奔逃。计划虽如此，迂回曲折，却不顾山高路远、叛军合众的现实。五月，曹文诏率军抵达商州，与其子侄曹变蛟率军趁夜杀向义军，义军大败，溃散奔逃。然而，高迎祥、张献忠等人聚有农民军主力二十万，于陕甘一带攻城掠地，兵锋直指凤翔。明军多位将军被俘被杀，曹文诏心急如焚，可眼下兵力不足，只有三千。主帅洪承畴也没有办法，各处都需要防备，兵力捉襟见肘。于是向曹文诏许诺，只管率军作战，他会想办法支援。曹文诏率三千精锐四处救火，连战连捷，但究竟兵力只有三千，在陇东被数万义军埋伏。血战多时，曹文诏几乎脱身，结果被叛兵指认，义军遂合力攻之，曹文诏拼杀辗转几里路，尾攻者却越杀越多，直至力竭气尽，知无回天可能，乃拔刀自杀殉国。消息传至明廷，崇祯帝惋惜痛心，下旨追封恤葬。自此农民军更加无所忌惮，局势败坏愈加。
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